最高院二审改判！全额支持2250万计算机软件著作权侵权诉请，明晰著作权人举证责任分配

【案件摘要】

北京英某信息科技股份有限公司诉慧某公司等侵害“i-DiaPro血液透析电子病历系统”V3.0软件著作权案，一审以权属证据不足驳回诉请。二审认定英某公司著作权登记证书、SVN源代码等证据链完整，吴某接触源代码，被诉侵权软件存多重异常相似点（代码段、数据库ID/创建时间一致），构成实质性相似及共同侵权，改判全额支持2250万元赔偿。

最高院针对本案二审改判厘清了计算机软件著作权保护核心争议，为同类案件举证责任分配、侵权认定及赔偿计算提供了重要裁判指引。

中华人民共和国最高人民法院
民事判决书

（2023）最高法知民终2586号

上诉人（一审原告）：北京英某信息科技股份有限公司。住所地：北京市朝阳区。
法定代表人：王某，该公司董事长兼总经理。
委托诉讼代理人：陈某，男，该公司员工。

被上诉人（一审被告）：慧某有限公司。住所地：北京市朝阳区。
法定代表人：朱某，该公司董事长兼经理。

被上诉人（一审被告）：吴某，男，1979年8月12日出生，汉族，住内蒙古自治区赤峰市。

被上诉人（一审被告）：江苏万某医药营销有限公司。住所地：江苏省徐州市。
法定代表人：袁某，该公司总经理。

被上诉人（一审被告）：江苏惠某信息科技有限公司。住所地：江苏省徐州市。
法定代表人：高某，该公司总经理。

被上诉人（一审被告）：任某医院。住所地：河北省沧州市。
法定代表人：乔某。

上诉人北京英某信息科技股份有限公司（以下简称英某公司）因与被上诉人慧某有限公司（以下简称慧某公司）、吴某、江苏万某医药营销有限公司（以下简称万某公司）、江苏惠某信息科技有限公司（以下简称惠某公司）、任某医院侵害计算机软件著作权纠纷一案，不服北京知识产权法院于2023年6月28日作出的（2021）京73民初611号民事判决（以下简称一审判决），向本院提起上诉。本院于2023年11月14日立案后，依法组成合议庭，因涉及当事人商业秘密，于2024年10月11日不公开开庭审理了本案，并于2025年11月13日补充询问当事人。上诉人英某公司的法定代表人王某及委托诉讼代理人陈某、安某某，被上诉人慧某公司的委托诉讼代理人邹某某、郎某某，被上诉人吴某、万某公司、惠某公司的共同委托诉讼代理人李某、杨某到庭参加诉讼。任某医院经本院传票传唤无正当理由拒不到庭参加诉讼，本院依法缺席审理。本案现已审理终结。

英某公司向一审法院提起诉讼，一审法院于2021年5月28日立案受理。英某公司起诉请求判令：1.慧某公司、吴某、万某公司和惠某公司立即停止侵害英某公司的计算机软件著作权，包括立即停止侵害修改权、复制权、发行权和信息网络传播权；2.任某医院停止使用侵害英某公司计算机软件著作权的产品；3.慧某公司、吴某、万某公司和惠某公司连带赔偿英某公司经济损失2250万元；4.慧某公司、吴某、万某公司和惠某公司承担英某公司的维权成本50万元；5.慧某公司、吴某、万某公司和惠某公司承担本案的诉讼费用。事实和理由：（一）英某公司是名称为“i-DiaPro血液透析电子病历系统”V3.0计算机软件（以下简称涉案权利软件）的著作权人。（二）吴某作为英某公司相关部门的负责人和股东之一，长期任职英某公司的高级管理岗位，具有接触并掌握涉案权利软件的机会。（三）慧某公司、万某公司和惠某公司通过吴某，并通过聘任英某公司的离职员工，接触并窃取了英某公司的产品信息，实施了侵权行为。（四）慧某公司、吴某、万某公司和惠某公司的侵权行为给英某公司造成了重大损失。

慧某公司一审辩称：（一）英某公司主张权利的内容和范围不明，现有证据无法证明其具有合法的权利基础。涉案权利软件代码尚未开示，现有证据不足以证明其拥有合法有效的权利基础。本案根本不具备进行侵权比对的前提和基础。（二）英某公司主张2017版“析之助”软件（以下简称被诉侵权软件）由慧某公司开发，无事实依据，慧某公司与本案无关。（三）英某公司单方制作的软件对比说明，真实性高度存疑，无法证明被诉侵权软件侵害了其著作权。英某公司提交的对比说明中展示的“析之助”软件内容与证据14光盘中的内容存在诸多差异，对比说明中的内容并非来源于本案被诉侵权软件。因此，现有证据无法证明慧某公司实施了侵害英某公司计算机软件著作权的行为，慧某公司与本案无关，不应承担侵权责任。英某公司在起诉状中针对慧某公司提出的各项诉讼请求均不能成立，请求予以驳回。

吴某、万某公司、惠某公司一审共同辩称：（一）吴某没有接触涉案权利软件源代码，英某公司提供的与SVN访问记录有关的证据不具有真实性。（二）被诉侵权软件为慧某公司独立开发完成，万某公司和惠某公司针对该软件具有合法来源，侵权行为与万某公司和惠某公司无关。（三）惠某公司系在万某公司与慧某公司的《服务合同》履行期间成立，惠某公司在此期间的软件销售收入为零。（四）惠某公司的代码服务器于2019年1月7日出现严重故障，在进行修复的重新初始化硬盘时，历史记录被覆盖。故万某公司和惠某公司无法提交被诉侵权软件源代码。（五）被诉侵权软件与涉案权利软件不构成实质性相似。从WebService的目标代码、数据库备份文件、软件运行界面和用户操作手册文档的比对结果看，两者均不构成实质性相似。被诉侵权软件中有24个数据库表与涉案权利软件存在相同或类似的表名或字段，但前述相同或类似的内容是血液透析管理软件必须使用的有限表达和功能性内容，不具有特征性。英某公司在其软件中设置了“导入汇某通”的功能菜单，并有多个模块直接采用和参考了汇某通软件的内容。综上，请求驳回英某公司的诉讼请求。

任某医院一审辩称：任某医院对慧某公司、吴某、万某公司和惠某公司之间的情况及纠纷不知情；在2021年之前因其他原因停止了对被诉侵权软件的使用。

一审法院认定事实：

（一）英某公司提供的权属证据

1.《计算机软件著作权登记证书》。其中显示登记号为2014XXXX9281、2014XXXX0225、2015XXXX2631、2017XXXX3293，软件名称为“i-DiaPro血液透析电子病历系统”V1.0、V2.0、V3.0、V4.0，著作权人为英某公司。英某公司确认，本案中主张的软件版本的登记号为2015XXXX2631，证书载明软件名称为“i-DiaPro血液透析电子病历系统”[简称：i-DiaPro血液透析电子病历]V3.0，开发完成日期为2015年10月13日，首次发表日期为2015年10月30日，权利取得方式为原始取得。

2.英某公司服务器下载软件源代码等文件的公证书。公证书号为（2023）京长安内经证字第13786号（以下简称第13786号公证书），公证时间为2023年3月29日，其中记载，在英某公司机房，使用代码管理软件查看相关软件，使用软件“MicrosoftVisualStudio2010”将导出的客户端软件代码进行编译生成可执行文件“XytxManagerApp.exe”，导出数据库脚本文件、运行“XytxManagerApp.exe”，查看软件版本号，浏览软件界面，导出“产品实施部署手册.doc”和“i-DiaPro血液透析电子病历系统用户手册V2.3.doc”两个文件，将存放在服务器内的数据库备份文件“xytxForProduct_Clear.bak”及“平板APK文件及配套运行环境”文件夹压缩并保存。
关于软件源代码的保存，英某公司说明，2014年5月将存储代码的服务器由VSS服务器改为SVN服务器，前述公证书涉及的服务器为变更后的服务器。

3.采购合同。涉及2015年1月15日至2017年3月30日，英某公司向某医院等出售“i-DiaPro血液透析电子病历系统V2.0版本”的销售合同，以及2017年3月30日向某人民医院销售“i-DiaPro血液透析电子病历系统V3.0版本”的销售合同。

（二）英某公司提供的侵权证据

1.吴某接触涉案权利软件的证据。主要包括劳动合同、2016年2月5日吴某的离职申请、工作交接清单、2016年3月25日离职证明、吴某签署的《员工离职保密协议》以及第13786号公证书记载的第二部分内容，即在英某公司机房电脑上，使用MicroVisualSourceSafe6.0,输入搜索用户名wuyl，查询用户提供的文件日志，打开导出的文件，展示其权限；通过客户端代码管理工具TortoiseSVN查看wuyl对代码目录https://ifm:8443/svn/IfmXytx/20_Source的更新目录；吴某负责的涉案权利软件2014年10月的设备使用记录、2015年12月17日及2016年2月10日吴某负责涉案权利软件售后维修工作的合同文本。

2.侵权行为的证据。主要包括慧某公司与万某公司签订的《慧某有限公司服务合同》（以下简称涉案服务合同），其中服务描述为“血液透析信息系统建设项目”，合同有效期为“合同签订之日起至2017年9月30日止”；惠某公司在公众号及网络宣传“析之助”软件的相关网页打印件，见（2019）京正阳内经证字第960号公证书、（2019）京正阳内经证字第961号公证书（以下简称第961号公证书）；2021年4月1日，在任某医院血液净化中心，对电脑中的“析之助血透智能信息管理系统”的数据库文件、表文件、客户端程序、安装包等进行压缩复制，具体内容记载于（2021）京长安内经证字第13306号公证书（以下简称第13306号公证书）。

3.涉案权利软件与在任某医院公证的被诉侵权软件的对比分析。主要对比客户端界面、平板端界面、安装认证授权文件、用户操作手册、安装部署手册、数据库表结构、数据库中的初始记录，分析其相同点。

（三）英某公司提供的关于侵权赔偿数额的证据

主要为惠某公司中标某县中医院“血液透析系统”的公告以及本案维权相关的公证费发票，金额共计17922元；专项法律服务协议及律师费发票，金额75000元。

（四）慧某公司提供的主要证据

1.司法鉴定意见书。主要证明从SVN服务端可以修改代码提交时间、提交用户信息，修改后的客户端无法反映修改痕迹，故英某公司提交的涉案权利软件的SVN记录真实性存疑，不应予以采信。
2.涉案权利软件与在任某医院公证的被诉侵权软件WebService端反编译代码比对结果。

（五）万某公司、惠某公司提供的主要证据

1.万某公司履行与慧某公司涉案服务合同的付款凭证及任某医院安装服务确认单，证明惠某公司使用的软件具有合法来源。

2.计算机软件著作权登记证书，证明2019年惠某公司开发完成Saas软件替代被诉侵权软件，被诉侵权软件为C/S框架，源代码存在实质不同。

3.惠某公司2018年度审计报告，证明惠某公司为任某医院免费安装被诉侵权软件，万某公司系惠某公司母公司。

4.血液计划标准操作规程、《关于统一使用北京市透析管理系统软件的通知》、汇某通《血液透析管理系统》软件界面截图，证明血液透析过程中临床常用样本和流程图，涉案权利软件参考了汇某通软件的信息。

（六）关于软件比对的法庭勘验情况

慧某公司认可吴某在公司任职期间，参与涉案服务合同的签订履行。该合同相关软件的源代码等证据因其隐藏或删除，现已无法提供。

关于被诉侵权软件与依据涉案服务合同提供的软件是否为同一软件，慧某公司主张被诉侵权软件由惠某公司销售，不能确认与万某公司所购买软件服务一致，被诉侵权软件并非依据涉案服务合同开发的软件。

万某公司、惠某公司主张被诉侵权软件具有合法来源，但无法提供被诉侵权软件源代码，也无法提供慧某公司交付的开发成果相关软件与被诉侵权软件进行比对。

经一审法院释明，各方当事人同意在不进行源代码比对的情况下，在现场勘验环节，对由英某公司提供的涉案权利软件源代码生成目标程序，并配置安装软件，并针对被诉侵权软件的相关界面等进行了比对和现场演示。

此外，经英某公司同意，由慧某公司在一审庭审后将涉案权利软件目标程序与被诉侵权软件进行反编译比对，并将比对结果作为证据提交，各方对此发表质证意见。

一审法院认为：

本案中，英某公司主张其对涉案权利软件享有著作权，该软件的内容未经登记，故其应提交该软件的源程序、文档以及其他能证明其享有权利的证据。

英某公司提交了通过公司内部网络中自用服务器SVN下载的源代码、安装手册等作为权利基础的初步证据。但结合各方质证意见，前述证据未显示软件完整研发记录、软件代码实际完成时间及内容完整未修改的情况。同时，因涉案权利软件系非公开发行软件，且存在多版本迭代开发的情况，在无其他证据佐证的情况下，在案证据中的软件源程序等备份文件与其主张的涉案权利软件特定版本的完成时间、对应性、同一性均无法确认。英某公司还提供了与案外主体针对涉案权利软件不同版本的销售合同，但上述合同均不涉及涉案权利软件程序内容，不能佐证前述事实。

进一步，关于涉案权利软件权利基础的举证责任分配。一审法院认为，因涉案权利软件由英某公司自行开发，其他主体无法获得相关文件，英某公司对开发软件的相应版本进行软件登记、对内容进行合理保存、留存开发记录等多种手段从而证明软件公开时间、完整一致，具有可行性，难度较低。同时，慧某公司针对本案证据提交了关于SVN服务器中文件可以修改的鉴定意见等证据，英某公司也未能提交相关反证或证据对源代码服务器存储完成时间及未经修改的事实予以证实或予以解释。因此，在一审法院予以充分释明以及各方抗辩、勘验、多种方式比对等基础上，综合在案证据，不能证明英某公司对其主张的软件享有著作权。

由于作为权利基础的涉案权利软件是认定接触及存在侵权事实的基础，而在案证据不能证明涉案权利软件的完成时间、公开时间，无法进行实质性比对，故对其他侵权认定事实及责任承担，一审法院不再论述。进而，对英某公司的全部诉讼请求，一审法院不予支持。

一审法院依据《最高人民法院关于审理著作权民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》（以下简称著作权民事纠纷解释）第七条以及2017年修正的《中华人民共和国民事诉讼法》（以下简称民事诉讼法）第六十四条第一款、《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第九十条之规定，判决：“驳回原告北京英某信息科技股份有限公司全部诉讼请求。案件受理费156800元，由北京英某信息科技股份有限公司负担（已交纳）。”

英某公司不服一审判决，向本院提起上诉，请求：1.撤销一审判决；2.改判支持英某公司的一审全部诉讼请求；3.一、二审诉讼费用由慧某公司、吴某、万某公司和惠某公司共同负担。事实和理由：（一）一审法院审理程序违法。慧某公司于一审庭审后提交的[2022]数鉴字第540号司法鉴定意见书（以下简称第540号鉴定意见书），并未在一审庭审中出示并经质证或辩论，剥夺了英某公司的质证和辩论权利。（二）英某公司享有涉案权利软件的著作权。1.英某公司提交的《计算机软件著作权登记证书》、第13786号公证书、与某医院和某人民医院等医院的销售合同等证据已经形成完整证据链，可以证明英某公司享有涉案权利软件著作权。2.慧某公司提交的第540号鉴定意见书属于超期提交的证据，不应予以采信。且在司法实践中，在无相关证据或事实证明软件存在修改的情况下，能够基于SVN源代码合理的顺延性认可SVN系统的服务器数据资源的客观性。（三）一审判决认定基本事实不清。1.慧某公司、吴某、万某公司、惠某公司具有接触涉案权利软件的行为和侵权的故意。吴某系英某公司前高级管理人员，全程参与涉案权利软件的开发，并统筹管理涉案权利软件所在项目，完全掌控并接触涉案权利软件的源程序，后吴某接连在慧某公司和惠某公司处任职并负责开发软件。2.被诉侵权软件与涉案权利软件构成实质性相似。被诉侵权软件与涉案权利软件系统管理员的信息几乎一致、关键数据表高度相似、可视化内容高度相似、安装过程中的授权文件的文件属性完全相同，且被诉侵权软件中出现了多处与涉案权利软件中相同的错误、冗余内容。（四）一审判决适用法律错误。1.一审判决适用2017年修正的民事诉讼法错误。2.一审判决关于涉案权利软件权利基础的举证责任认定严重错误，在英某公司已经提交初步证据的情况下，应由慧某公司、吴某、万某公司和惠某公司提交反证证明英某公司不是涉案权利软件著作权人。另外，证明涉案权利软件SVN系统的服务器数据资源存在修改为积极事实，而证明其未经修改属于消极事实，慧某公司负有证明SVN系统的服务器数据资源存在修改的举证责任。

2025年11月13日，英某公司提出增加上诉请求，请求判决慧某公司、吴某、万某公司和惠某公司连带承担惩罚性赔偿6750万元。对此，《最高人民法院关于审理侵害知识产权民事案件适用惩罚性赔偿的解释》第二条规定：“原告请求惩罚性赔偿的，应当在起诉时明确赔偿数额、计算方式以及所依据的事实和理由。原告在一审法庭辩论终结前增加惩罚性赔偿请求的，人民法院应当准许；在二审中增加惩罚性赔偿请求的，人民法院可以根据当事人自愿的原则进行调解，调解不成的，告知当事人另行起诉。”因英某公司的该上诉请求已经超出了其一审诉讼请求范围，且系在二审开庭结束后才提出，故本院未予准许。

慧某公司辩称：（一）一审法院审理程序合法。英某公司已经对第540号鉴定意见书进行了质证和辩论，该证据应当被采纳。（二）一审判决认定事实正确。1.在案证据不能证明英某公司享有涉案权利软件著作权。2.即使英某公司享有著作权，被诉侵权软件与涉案权利软件也不构成实质性相似。3.即使被诉侵权软件构成侵权，也不能证明被诉侵权软件系慧某公司提供。4.英某公司主张的连带责任及损害赔偿数额缺乏事实依据，不能成立。（三）一审判决法律适用正确。一审判决引用2017年修正的民事诉讼法并无错误，举证责任分配亦无不当。

吴某、万某公司和惠某公司共同辩称：一审判决审理程序合法，认定事实清楚，适用法律正确。（一）现有证据不能证明英某公司对涉案权利软件享有著作权。（二）2014年5月以后，吴某不再参与软件开发，主要负责客服工作，而涉案权利软件是2015年10月13日的版本，吴某无法接触。英某公司提交的SVN配置文件也有诸多反常之处，不能采信。（三）被诉侵权软件是2017年的版本，是慧某公司交付给惠某公司的版本。（四）涉案权利软件与被诉侵权软件在运行界面、数据库表等方面完全不同，不构成实质性相似。2019年，惠某公司的服务器发生故障，所以无法提交2017年版的源代码，并非惠某公司故意不提交源代码。

任某医院未作答辩。

本院二审期间，英某公司为证明其主张，向本院提交了以下证据：

1.登记号为2014XXXX9281的计算机软件著作权登记材料；2.登记号为2014XXXX0225的计算机软件著作权登记材料；3.登记号为2015XXXX2631的计算机软件著作权登记材料；4.登记号为2017XXXX3293的计算机软件著作权登记材料；5.（2023）京长安内民证字第21287号公证书，主要内容为从SVN服务器中导出涉案权利软件V3.0_7014版的前后十个版本共计20个版本软件的相关内容以及导出SVN服务器中用户wuyl的日志；6.（2023）京长安内经证字第61362号公证书（以下简称第61362号公证书），主要内容为从某第三医院提取固定2016年涉案权利软件安装包文件HD20160325AM01.rar。证据1-6拟证明英某公司是涉案权利软件的著作权人。
7.惠某公司工商登记材料，其中显示孙某曾任公司董事，吴某曾任公司总经理；8.孙某在慧某公司任总经理时的名片；9.（2023）京海诚内民证字第17258号公证书，主要内容是通过百度搜索慧某公司与孙某的关系。证据7-9拟证明吴某、惠某公司、万某公司存在共同故意侵权行为。
10.英某公司ifmsoft.com.cn域名查询信息；11.英某公司第18794286号商标“ifmsoft”信息查询页。证据10、11拟证明“ifm”是英某公司名称的缩写，与英某公司具有对应性。

慧某公司质证意见为：对证据1-4的真实性、合法性认可，但对关联性和证明目的不认可。英某公司一审补充证据1比对的是2016年12月版本软件，晚于涉案权利软件V4.0完成时间2016年10月，与英某公司主张的比对版本V3.0差异较多。对证据5的真实性、合法性、关联性及证明目的均不认可。公证员未对计算机进行清洁性检查，公证视频模糊，有半分钟计算机息屏，公证获得的四个版本软件完成时间与著作权登记证书所载时间不一致，且关于wuyl用户的SVN日志与第13786号公证书内容存在矛盾。对证据6形式上的真实性无异议，但对内容的真实性、合法性、关联性及证明目的均不认可。公证员未对计算机进行清洁性检查，计算机仅连接局域网，不排除被恶意篡改的可能。无法证明软件的真实来源及其与涉案权利软件的对应关系。对证据7、9-11的真实性、合法性认可，对关联性和证明目的不认可。对证据8的真实性、合法性和关联性均不认可。

吴某、万某公司和惠某公司质证意见为：同意慧某公司的质证意见。证据1-4中V3.0版与英某公司从SVN服务器中导出的V3.0_7014版的完成时间相同，但软件和操作手册中存在诸多不同，可能是英某公司修改了下载的软件，因此证据5、6也不可信。

任某医院未发表质证意见。

本院认证意见为：慧某公司、吴某、万某公司和惠某公司仅对证据5、6的公证书中内容的真实性提出了质疑，但均未提交相应的证据用以推翻经公证的相关事实，其质疑理由也不足以否定上述事实，故本院对证据5、6的真实性、合法性和关联性予以确认。证据9的内容可以印证证据8，故对证据8的真实性、合法性予以确认。对其他证据的真实性、合法性，因慧某公司、吴某、万某公司和惠某公司均无异议，本院予以确认。有关证据的关联性及证明目的，将视情在裁判理由部分评述。

本院经审理查明：对于一审法院依据举证责任分配认定的事实，本院将在裁判理由部分予以分析；本院亦将补充查明案件事实；一审法院查明的其他事实属实，本院予以确认。

本院另查明：

（一）关于英某公司是否享有涉案权利软件著作权的相关事实

英某公司二审提交了涉案权利软件V1.0-V4.0的著作权登记资料，并比较了其中的部分内容和界面，从登记的代码以及界面来看，各版本软件的开发具有一定的一致性和持续性。英某公司还从SVN服务器中提取了与涉案权利软件具体版本相近的前后20个版本软件，并对这20个版本的软件代码的相似性进行了部分对比。

英某公司将涉案权利软件与二审证据中V3.0软件的著作权登记资料中的代码和界面进行了比较，结论是软件代码相似度95%以上，整体界面、功能按钮布局和功能按钮基本相同。

英某公司还将第61362号公证书所保全的从某第三医院取得的软件运行界面与涉案权利软件界面进行了对比，通过比对可以看出，两者的软件整体界面、功能按钮布局、功能按钮基本相同。

慧某公司、吴某、万某公司、惠某公司认为SVN服务器存在篡改可能，对于英某公司的上述举证内容不予认可。

（二）关于吴某是否接触涉案权利软件的相关事实

根据吴某与英某公司2011年7月18日签署的劳动合同，吴某担任项目经理岗位。在吴某2016年2月5日的离职申请中记载有如下内容：“当前透析产品线已经基本成熟，实施团队的体系已经建立起来了，以谭某和张某的能力完全可以接替我的工作。”吴某离职工作交接清单中有如下交接内容：血液透析电子病历系统源码及文件资料、血液净化综合数据管理平台源码及文件资料、透析治疗模型源码及文件资料等。2016年3月25日，英某公司给吴某出具离职证明，并与其签订《员工离职保密协议》。

英某公司二审进一步提交了其从SVN和VSS服务器中查询导出的wuyl账号的操作记录，用以证明吴某具有接触涉案权利软件代码的权限。慧某公司、吴某、万某公司、惠某公司对于wuyl账号的对应性以及SVN服务器存储内容的客观性均有异议。

（三）关于涉案权利软件与被诉侵权软件比对的相关事实

1.关于被诉侵权软件

慧某公司认为第13306号公证书存在记载失实、方式违法、授权缺失等问题，已构成严重程序违法，不具备证据资格。并申请本院至任某医院对计算机和软件进行现场勘验；申请本院对涉案权利软件与被诉侵权软件及任某医院使用的2019版软件进行相似性鉴定。

慧某公司陈述其无法提交被诉侵权软件的源代码；万某公司、惠某公司陈述，因2019年服务器发生故障，导致2017年版的源代码丢失，因此也无法提交2017年版软件的源代码。

对于被诉侵权软件即在任某医院取证的2017版软件，慧某公司陈述无法证明该软件是慧某公司交付给万某公司的软件；惠某公司陈述，从时间上来看，该软件是慧某公司交付的软件。

2.关于涉案权利软件与被诉侵权软件比对

（1）关于WebService端的比对

慧某公司提交《WebService端反编译代码比对结果》，将涉案权利软件与被诉侵权软件中WebService端目录和文件进行比对，认为两者差异很大，仅有一个Extention.cs模块存在相似。英某公司认为，慧某公司使用BeyondCompare软件进行比较，对于简单修改的目录和文件名的文件无法进行有效对比，而被诉侵权软件对WebService端的接口进行了一定的修改和改写，因此导致比对结果的不同。另外，本案英某公司主张侵权的主要是被诉侵权软件的客户端程序，而非WebService端程序。

（2）关于数据库的比对

慧某公司提交《数据库还原比对结果》，通过数据库还原比对，认为涉案权利软件数据库独有表146个，被诉侵权软件数据库独有表115个，两者相差巨大。虽然有24个表存在类似表名或字段，但都属于通用表达和功能性内容。其中，相似表名、表结构对比结果如下：（因涉及软件具体库表名称,略）
另外，慧某公司的比对结果中还有如下相似点：涉案权利软件中ProductUser表与被诉侵权软件中tUserManage表中，ID字段的值完全相同，均为“E319537B-38BF-4E99-ADB9-F65CBC4CA7D3”，双方createtime（创建时间）都是“2014-07-3116:51:59.997”。涉案权利软件中SystemConfig表与被诉侵权软件中tSystemConfig表中，ID均为100，名称都是“进销存开关”，注释说明相同，均为“0：关，1：开”；CreateTime（创建时间）相同，均为“2014-07-0914:18:34.230”。

英某公司不认可慧某公司的比对方式和意见，认为被诉侵权软件刻意将大量数据库的表名和字段名进行简单修改，主要是在表名前加上字母“t”，或者将英文单词改为汉语拼音，导致比对结果不同。另外，即使是慧某公司认为其独有的表，也和涉案权利软件的表实际高度相似。英某公司列举部分比对情况如下：（因涉及软件具体库表名称,略）

（3）关于运行界面的比对

英某公司认为，被诉侵权软件与涉案权利软件的运行界面高度相似，如：（因涉及软件具体库表名称,略）
吴某、万某公司、惠某公司一审中提交了涉案权利软件与被诉侵权软件运行界面的详细比对意见，通过比较得出结论，12个模块的首页加一、二级菜单的运行界面，只有一个界面相似。经本院查看，两软件的运行界面确实均存在一定的差异。

（4）关于可执行文件反编译代码的比对

慧某公司提交《反编译比对说明》，将涉案权利软件和被诉侵权软件的可执行文件反编译后进行比对，得出结论：被诉侵权软件存在248个独有文件，涉案权利软件存在493个独有文件，两者存在86个差异文件（名称相同但文件内容不相同），经比对，其中60个文件属于业务类、工业类、工程基础类的代码文件，基于有限表达及控件自动生成、开源代码借鉴等原因出现相似代码应排除在实质性相似认定范围之外。最终结论是两个程序整体相似度为3.1%或5.7%（分别以涉案权利软件或被诉侵权软件为比对基础）。

根据本院要求，英某公司将涉案权利软件和被诉侵权软件的可执行文件反编译后，抽取其中十个不同模块的十个代码文件进行了比对，英某公司认为，通过比对可以看出被诉侵权软件中存在大量与涉案权利软件高度相似的代码段，而且包括涉案权利软件特有的标识（ifm标识）和独有的错漏之处（错误的日志和空函数等），被诉侵权软件的侵权行为非常明显，而且存在大量通过人为修改替换来规避简单的文本对比检查。例如：代码文件4中，HaoCaiDaBaoForm.cs和SuppliesForm.cs中的SuppliesForm_Load（）函数，英某公司认为，xxxForm_Load是窗口加载事件函数，第一次创建这个函数时，Load前面默认的都是当前Form的名称，从这里可以看出这个Form原来的名称就是“SuppliesForm”，而被诉侵权软件后来特意将Form文件的名称改为“HaoCaiDaBaoForm”，但是因为疏忽这里原来默认的名称“SuppliesForm”没有一起更改。

代码文件6中：RightsManageForm.cs和PermissionsManageForm.cs中的btnUpdate_Click（）函数。英某公司认为，该函数是更新权限的处理过程，当处理过程出现异常时，会弹出“更新失败，请重新启动！”的消息框，但是接着却记录了一个“排班异常”的日志，而正常情况下应该记录一个“权限更新失败”的日志。这其实是开发人员的疏忽造成的日志记录内容和实际处理内容不一致的bug，双方代码此处的错误完全一样。

代码文件10中：PeiYeDengJiAddForm.cs和pydjAddUpdate.cs中ifmButton1_Click（）函数，英某公司认为其中“ifm”是其公司名称的英文缩写，且这是一个空函数，里面没有任何代码。这段通常应该被删除的冗余代码也完全一致的保留在被诉侵权软件的代码中。

慧某公司提交意见认为，英某公司主张的相同或相似的内容，均不构成受《中华人民共和国著作权法》（以下简称著作权法）保护的独创性表达，不应作为认定侵权的依据。另外，不应采用抽样比较的方式，应该采用全部比较的方式对所有源代码进行比较，并进一步提交了《核心代码相似度比对报告》，得出结论是两者核心代码整体相似度在15.45%或17.57%（分别以涉案权利软件或被诉侵权软件为比对基础）。

吴某、万某公司、惠某公司认为，英某公司对比的十个CS文件不属于涉案权利软件的核心代码，涉案权利软件与被诉侵权软件在核心层面存在根本性、系统性差异，不构成实质性相似，存在少数代码片段相似是因为表达方式受限以及相关代码源于通用技术。

（5）惠某公司登记著作权资料与涉案权利软件的比对

根据英某公司申请，本院至中国版权保护中心调取了惠某公司申请的登记号为2017XXXX6906和2017XXXX3673的计算机软件著作权登记资料。其中2017XXXX6906号登记证书记载，软件名称为“惠邦血透智能信息管理软件[简称：惠邦血透]V1.0”，著作权人是惠某公司，开发完成日期为2016年9月29日，首次发表日期为2016年9月30日，权利取得方式为原始取得。在“前期开发声明”中，惠某公司陈述在公司成立之前，自2016年3月1日开始软件前期开发工作，至2016年9月29日完成，开发人员签字处仅有高某某一人签名。2017XXXX3673号登记证书记载，软件名称为“析之助血透智能信息化PC工作站管理软件V1.0”，著作权人是惠某公司，开发完成日期为2016年12月29日，首次发表日期为2016年12月30日，权利取得方式为原始取得。

经比对，英某公司认为上述材料中的部分代码和操作手册的内容与被诉侵权软件的反编译代码以及操作手册高度相似，也与涉案权利软件的源代码和操作手册都具有超出正常合理范围的高度相似性，进一步佐证慧某公司、吴某、万某公司和惠某公司侵害了英某公司的涉案权利软件著作权。例如：2017XXXX6906、2017XXXX3673号著作权登记材料在“基本信息查询”的说明中有如下内容：“其中查询范围是指该患者是否正在本医院接受透析，该条件来源于病历信息的转归记录（转归记录中的转出对应查询范围条件中的转出，转归记录中的转入对应查询范围条件中的留治）”，而英某公司的2015XXXX2631号著作权登记的用户手册在“病人基本信息查询”中有如下类似内容“其中查询范围是指该病人是否正在本医院接受透析，该条件来源于基础信息的转归记录（转归记录中的转出对应查询范围条件中的转出，转归记录中的转入对应查询范围条件中的留治）”。2017XXXX6906号著作权登记材料在“权限分配”的内容中有如下内容“从左侧角色管理列表选择要分配权限的的用户类型”，而涉案权利软件用户手册的“权限管理”中有同样的内容，都多了一个“的”字。2017XXXX6906、2017XXXX3673号著作权登记代码中设置蓝色的代码为：SolidBrushblueBrush=newSolidBrush（Color.FromArgb（58，144，219）），其中RGB三个参数的数值与涉案权利软件中的数值完全一致。

（6）关于软件缺陷的比对

针对涉案权利软件与被诉侵权软件的界面中存在的相同缺陷，英某公司认为，在用户信息界面按Tab键时光标移动顺序存在缺陷，移动顺序均为：姓名->出生日期->性别->手机号->拼音->Email->住址，光标移动顺序不符合正常设计习惯，既不是从左到右，也不是从上到下，而是完全无规则。被诉侵权软件与涉案权利软件的光标无规则移动顺序完全相同。（如下图，左侧为涉案权利软件，右侧为被诉侵权软件）
 

在耗材管理模块添加耗材信息界面的提示消息的内容为“红色标*为必填项！”，此条消息涉案权利软件的代码中在*后面多打了一个空格，系误操作，一般常规无空格，被诉侵权软件此处的提示消息中独特缺陷的文字内容完全相同。（如下图，左侧为涉案权利软件，右侧为被诉侵权软件）

（四）关于赔偿责任的相关事实

万某公司（甲方）与慧某公司（乙方）签订了涉案服务合同，合同有效期至2017年9月30日止，其中服务描述为：血液透析信息系统建设项目，金额1200万元，每30天支付100万元，共计12期。合同未标注签订时间，从合同有效期推算，该合同应该在2016年9月前后签订。合同附件约定慧某公司与客户共同拥有交付物的知识产权。根据一审中当事人提交的证据，该服务合同实际支付1000万元，其中500万元支付给慧某公司，500万元支付给案外人北京某科技有限公司。

第961号公证书显示，搜索“析之助”公众号并对公众号内部分文章内容进行保存，查看资料显示公众号账号主体是惠某公司。其中一篇文章提及“析之助凭借过硬的技术支持和贴心周到的服务赢得了诸多肾科同道信赖与支持，在上市短短三年间一跃而起，为全国23省市超过500家医院透析科室深度服务，领跑行业第一！”

2017年12月4日发布的某县中医院拟单一来源采购方式采购“血透管理系统”的公告显示，采购人拟推荐供应商是惠某公司，其中理由介绍：我院血透中心拟以单一来源方式向惠某公司采购析之助管理系统软件。惠某公司由万邦医药、中国惠某联合设立……析之助已在某甲市中心医院血液净化中心、某乙市中心医院血液净化中心等区域性中心三甲医院深度应用……且除惠某公司外其他公司解决方案报价均在30万元以上……

英某公司主张，根据上述内容，按照行业利润率15%计算，惠某公司等获利至少为30*500*15%=2250万元。另外，慧某公司与万某公司签订的涉案服务合同中，被诉侵权软件的服务费为1200万元，也佐证了英某公司主张的赔偿数额具有合理性。

（五）关于案件的其他事实

关于吴某在慧某公司任职情况，慧某公司提交书面意见称，吴某在慧某公司担任的是应用管理服务交付顾问，劳动合同遗失。关于慧某公司与万某公司涉案服务合同情况，目前了解到该服务合同下项目组成员主要为销售人员孙某、技术人员吴某。目前孙某和吴某均已离职，交接非常简单，几乎没有关于该服务合同项目的信息，其他员工对该服务合同项目情况基本不了解。慧某公司向万某公司交付项目时间大概在2017年9月前。对于任某医院安装单上的两位安装人员的身份，慧某公司与惠某公司均不认可是其单位员工。

ifmsoft.com.cn域名注册者是英某公司，第18XXXX86号商标“ifmsoft”的申请人是英某公司。第22XXXX21号商标“析之助”的申请人是惠某公司。

惠某公司成立于2016年7月15日，初始注册资本1000万元，股东（发起人）中万某公司出资比例为58%。经营范围包括信息工程技术研发；医疗信息技术开发、技术转让、技术咨询；计算机软件的开发、设计、销售等。2016年7月6日的股东会决议选举孙某为公司董事；2021年5月25日的股东会决定中任命吴某为公司新董事，同日公司董事会决议聘用吴某为新总经理。

本院认为：本案为侵害计算机软件著作权纠纷，因本案侵权行为持续未停止，故本案应适用目前施行的著作权法以及民事诉讼法。一审法院作出判决时应适用2021年修正的民事诉讼法，一审判决适用2017年修正的民事诉讼法存在不当，本院予以指出。本案二审争议焦点问题是：（一）英某公司是否为涉案权利软件的著作权人，是否有权提起本案诉讼；（二）慧某公司、吴某、万某公司、惠某公司是否实施了侵权行为；（三）如构成侵权，侵权责任如何承担。

（一）关于英某公司是否为涉案权利软件的著作权人，是否有权提起本案诉讼

著作权法第二条第一款规定：“中国公民、法人或者非法人组织的作品，不论是否发表，依照本法享有著作权。”著作权民事纠纷解释第七条规定：“当事人提供的涉及著作权的底稿、原件、合法出版物、著作权登记证书、认证机构出具的证明、取得权利的合同等，可以作为证据。在作品或者制品上署名的自然人、法人或者非法人组织视为著作权、与著作权有关权益的权利人，但有相反证明的除外。”《计算机软件保护条例》第七条第一款规定：“软件著作权人可以向国务院著作权行政管理部门认定的软件登记机构办理登记。软件登记机构发放的登记证明文件是登记事项的初步证明。”第九条规定：“软件著作权属于软件开发者，本条例另有规定的除外。如无相反证明，在软件上署名的自然人、法人或者其他组织为开发者。”

本案中，首先，英某公司在一审中提交的“i-DiaPro血液透析电子病历系统”V1.0、V2.0、V3.0、V4.0软件著作权登记证书、销售相关涉案权利软件的合同、从公司SVN服务器下载的软件源代码等证据，已经足以达到初步证明其是涉案权利软件著作权人的程度。二审中，英某公司进一步补充提交了四个版本软件的著作权登记资料，还对销售给某第三医院的软件与涉案权利软件进行了比对，对从公司SVN服务器中下载的其他近似版本软件源代码进行了比对，进一步证明了其开发系列涉案权利软件的一致性和延续性。

其次，关于英某公司SVN服务器中数据的真实性。《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第一百零八条规定：“对负有举证证明责任的当事人提供的证据，人民法院经审查并结合相关事实，确信待证事实的存在具有高度可能性的，应当认定该事实存在。对一方当事人为反驳负有举证证明责任的当事人所主张事实而提供的证据，人民法院经审查并结合相关事实，认为待证事实真伪不明的，应当认定该事实不存在。法律对于待证事实所应达到的证明标准另有规定的，从其规定。”本案中，慧某公司虽然提交证据证明SVN服务器理论上存在修改的可能，但并未明确指出英某公司SVN服务器中的开发数据存在哪些矛盾之处，而英某公司提供了SVN服务器中1-10000条的日志和与涉案权利软件接近的20个版本的软件代码。因此综合而言，慧某公司的反驳证据并未使得英某公司SVN服务器数据真实性达到真伪不明的程度，并不足以反驳英某公司相关证据的证明力。

最后，关于涉案权利软件权利基础的举证责任分配。如前所述，英某公司的举证已初步证明其是涉案权利软件的著作权人，而慧某公司等并未提交足以推翻前述结论的反证。对于软件的研发记录、软件代码实际完成时间及内容完整未修改等情况，一审法院在慧某公司等仅提出质疑的情况下，即将举证责任转移给英某公司，并要求英某公司证明源代码服务器未经修改这一消极事实，举证责任分配有所不当。

综上，依据在案证据，可以认定英某公司系涉案权利软件的著作权人，有权提起本案诉讼。一审判决的相关举证责任分配及事实认定存在不当，本院对此予以纠正。

（二）关于慧某公司、吴某、万某公司、惠某公司是否侵犯了涉案权利软件著作权

民事诉讼法第六十七条第一款规定：“当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。”《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第九十条规定：“当事人对自己提出的诉讼请求所依据的事实或者反驳对方诉讼请求所依据的事实，应当提供证据加以证明，但法律另有规定的除外。在作出判决前，当事人未能提供证据或者证据不足以证明其事实主张的，由负有举证证明责任的当事人承担不利的后果。”

1.关于从任某医院公证取证的被诉侵权软件能否作为证据使用，是否可以认定为慧某公司交付给万某公司，并由惠某公司安装在任某医院的软件

首先，民事诉讼法第七十二条规定：“经过法定程序公证证明的法律事实和文书，人民法院应当作为认定事实的根据，但有相反证据足以推翻公证证明的除外。”本案中，英某公司通过第13306号公证书公证了从任某医院获得被诉侵权软件的整个过程，且该软件的安装时间以及其“析之助”的软件名称等都能与本案的其他事实相对应。慧某公司、吴某、万某公司、惠某公司均仅是对该公证行为提出质疑，却未能提交任何足以推翻公证证明的相反证据，其质疑理由亦不足以否定公证证明的事实，故本院认定该被诉侵权软件可以作为证据使用。

其次，慧某公司抗辩认为该被诉侵权软件不一定是其交付给万某公司的软件，而惠某公司认为该被诉侵权软件是慧某公司交付的软件。对此，本院认为，根据民事诉讼法的上述规定，慧某公司仅是简单否认而未提交任何证据，故其相关主张缺乏依据，不应予以支持。根据本院查明的事实，万某公司支付1000万元委托慧某公司开发血液透析信息系统，在此情形下，万某公司和惠某公司并无必要再重复开发一个功能类似的系统，因此慧某公司的相关抗辩主张缺少事实依据，本院不予支持。

最后，慧某公司还认为英某公司有可能与任某医院合作，提前将修改过的被诉侵权软件放置在任某医院的机房。对此，本院认为，根据本院查明的事实，惠某公司并未否认2017年曾给任某医院安装过相关软件，且在一审阶段提交了相关的安装单。另外，2019版的“析之助”软件在任某医院电脑中仍可正常运行，这些事实均可以佐证公证取证的被诉侵权软件的真实性，并无必要到任某医院进行现场勘验予以确认，故对于慧某公司到任某医院进行现场勘验的申请，本院不予准许。慧某公司对于相关事实仅是简单质疑和否认，却无法提交本应由其掌握的相关软件源代码进行反驳，应由其承担举证不能的不利后果。

综上，第13306号公证书中从任某医院公证取证的被诉侵权软件可以作为证据使用，可以认定该软件是慧某公司交付给万某公司，并由惠某公司安装在任某医院的软件。

2.关于吴某是否有接触涉案权利软件的可能性

首先，根据吴某离职申请及离职工作交接清单中的内容，已经可以确定吴某在英某公司工作期间负责透析产品线的各类产品和软件。吴某在离职申请中称“当前透析产品线已经基本成熟，实施团队的体系已经建立起来了，以谭某和张某的能力完全可以接替我的工作”，说明其离职前负责透析产品线；在离职工作交接清单中交接内容包括血液透析电子病历系统源码及文件资料、血液净化综合数据管理平台源码及文件资料、透析治疗模型源码及文件资料等，说明其掌握了涉案权利软件及相关的多个系统的源代码和文件资料。

其次，英某公司一、二审中提交的VSS、SVN服务器中涉及wuyl用户的记录，进一步佐证了吴某在英某公司工作期间具有接触涉案权利软件源代码的可能性。

最后，吴某抗辩称其离职前主要负责客户服务工作，不再接触源代码。对此，本院认为，前述事实，尤其是吴某离职交接内容中包括软件源代码和资料的事实，足以证明其接触涉案权利软件的可能性，其岗位是否发生变更，不影响前述认定。

综上，根据在案证据，已经足以认定吴某有接触涉案权利软件的可能性。

3.关于涉案权利软件与被诉侵权软件是否构成实质性相似

首先，从英某公司将涉案权利软件和被诉侵权软件的可执行文件反编译后，抽取其中十个代码文件进行比对的结果来看，两者之间存在大量高度相似的代码段，而且在函数名称、日志记录BUG、ifmButton1_Click（）空函数等方面均完全一致，已经远超偶然巧合的可能。对于慧某公司提交的《反编译比对说明》及其结论，本院认为，该比对过程仅比较了名称相同但文件内容不相同的86个文件，对于被诉侵权软件中可能通过修改文件名使得名称不一致的文件未进行比对，且比对过程中自行将代码内容分为重要和不重要或固定写法，仅计算重要行的相似度，严重影响该证据的证明力，不足以反驳前述比对结论。对于慧某公司提交的《核心代码相似度比对报告》，其中同样存在前述选择比对代码的问题，故对其比对意见及结论同样证明力不足。

其次，从涉案权利软件与被诉侵权软件的数据库比对情况来看，可以明显看出被诉侵权软件对数据库表名称或字段名进行了人为的规避式修改，如在表名前加字母“t”，将表名或者表中字段名更换为汉语拼音等，具体内容见本院查明事实部分，在此不再赘述。同时，慧某公司提交的《数据库还原比对结果》中还进一步证实有两组表中ID字段的值以及createtime（创建时间）都是完全一致的，而这是只有在两者使用同一个数据库备份文件时才可能出现的情况。

再次，涉案权利软件与被诉侵权软件具有相同的软件缺陷，在Tab键光标移动顺序及提示消息中独特缺陷的文字内容等方面均完全相同，也进一步佐证了两者代码的实质性相似。

又次，虽然WebService端及软件界面比对中两者相似度较低，但如前所述，被诉侵权软件中存在明显人为的规避式修改，对于较容易修改的WebService端及软件界面进行修改的难度明显低于对软件源代码和数据库结构的修改，因此这两方面的比对结果对于整体比对结果的影响应低于代码、数据库及软件缺陷比对方面的影响。

最后，慧某公司、吴某、万某公司、惠某公司对于被诉侵权软件中存在的上述明显超出偶然巧合可能的相似点，并未作出任何合理的解释或说明。

综上，综合考虑涉案权利软件与被诉侵权软件的整体比对情况，可以得出涉案权利软件与被诉侵权软件构成实质性相似的结论。

4.关于其他事实对侵权认定的影响

首先，从时间来看。吴某在2016年3月25日左右从英某公司离职，之后不久即到慧某公司工作，而慧某公司与万某公司在2016年9月左右即签订了委托开发血液透析信息系统的标的为1200万元的涉案服务合同。惠某公司于2016年7月成立，在2016年9月和12月即登记了两款血透智能信息化管理相关的软件著作权，此时万某公司委托慧某公司开发的涉案服务合同才刚签订，还未到交付的时间。

其次，从开发人员来看。慧某公司陈述，涉案服务合同只有孙某和吴某两人参与，且技术人员只有吴某一人，这与正常的软件开发项目所需人员数量明显不符，与价值1200万元的合同标的也不匹配。而惠某公司在本案诉讼中又主张2017年版的软件就是慧某公司交付的软件，即惠某公司并不认可其自行在2017年开发了新的软件，这又与其在2016年即申请了两项软件著作权的行为相矛盾。

最后，从被诉侵权软件源代码的管理情况来看。根据慧某公司与万某公司签订的涉案服务合同的附件约定的内容，双方共享交付物的知识产权，即慧某公司与万某公司均享有该软件的著作权。而对于这一实际已经支付1000万元的软件的源代码，慧某公司陈述吴某离职时未交接，万某公司和惠某公司陈述因服务器损坏被覆盖，此种说法与该软件的价值以及慧某公司、万某公司、惠某公司应有的管理水平相比明显不合常理。

综上，基于上述诸多不合理之处，并结合前述被诉侵权软件与涉案权利软件比对的相关内容，依据高度盖然性标准，可以认定被诉侵权软件并非慧某公司或惠某公司自主开发，而是主要由涉案权利软件简单修改而得。

（三）关于侵权责任的承担

《中华人民共和国民法典》第一千一百六十八条规定，二人以上共同实施侵权行为，造成他人损害的，应当承担连带责任。著作权法第五十二条、第五十三条规定，侵犯著作权或者与著作权有关的权利的，应当根据情况，承担停止侵害、消除影响、赔礼道歉、赔偿损失等民事责任。第五十四条第一、二、三款规定：“侵犯著作权或者与著作权有关的权利的，侵权人应当按照权利人因此受到的实际损失或者侵权人的违法所得给予赔偿；权利人的实际损失或者侵权人的违法所得难以计算的，可以参照该权利使用费给予赔偿。对故意侵犯著作权或者与著作权有关的权利，情节严重的，可以在按照上述方法确定数额的一倍以上五倍以下给予赔偿。权利人的实际损失、侵权人的违法所得、权利使用费难以计算的，由人民法院根据侵权行为的情节，判决给予五百元以上五百万元以下的赔偿。赔偿数额还应当包括权利人为制止侵权行为所支付的合理开支。”

首先，关于共同侵权。吴某离职后提供英某公司的涉案权利软件，并通过慧某公司销售给万某公司。万某公司、惠某公司在本案中主张其被诉侵权软件来源于慧某公司，但从惠某公司2016年刚成立不超过半年即申请了两项著作权登记，且登记材料与涉案权利软件登记材料多处高度近似的事实可以合理推定，惠某公司对于吴某与慧某公司的侵权行为存在明知，并在慧某公司与万某公司签署涉案服务合同的基本相同的时间内已经获得了涉案权利软件的源代码。万某公司是惠某公司的控股股东，且如前所述，其与慧某公司签订的涉案服务合同存在明显不合理之处。孙某先后在慧某公司和惠某公司担任过高管，吴某在离开英某公司后即到慧某公司工作，之后又到惠某公司担任高管。综合上述因素，可以合理推定慧某公司、吴某、万某公司、惠某公司对整个侵权行为均属明知，并通过分工合作的方式，使得被诉侵权软件成为形式上合法的软件。综上，慧某公司、吴某、万某公司、惠某公司构成共同侵权，应当共同承担相应的侵权责任。

其次，关于停止侵权。虽然惠某公司陈述从2019年版之后“析之助”软件已经做了结构上的较大调整，但英某公司并未明确认可2019年之后的“析之助”软件不存在侵权，故仍有必要判令慧某公司、吴某、万某公司、惠某公司立即停止侵害涉案权利软件著作权的行为，任某医院停止使用被诉侵权软件。

再次，关于赔偿数额。英某公司主张，根据惠某公司的宣传以及某县中医院的采购公告，计算得出惠某公司的获利至少为2250万元，而慧某公司根据涉案服务合同获利至少1000万元。慧某公司、吴某、万某公司、惠某公司并不认同英某公司的计算方式，惠某公司还提交了其公司2018年的审计报告，主张其公司营收为零。对此，本院认为，一方面，惠某公司的审计报告仅是2018年的审计报告，并不能证明其未通过被诉侵权软件获利，也不能证明其营收为零。另一方面，英某公司主张的计算依据中，各项因素均有证据支持或属于合理范围。其中，30万元每套的价格是依据某县中医院的采购公告得到；500家医院的数量是惠某公司公众号的宣传内容，惠某公司应对此承担相应后果；15%的利润率属于合理的利润率。因此，可以依据英某公司的主张支持其2250万元的赔偿请求。

最后，关于合理费用。英某公司一审中提交了委托代理合同，合同中约定律师费为50万元，并提交了金额为75000元的律师费发票及金额为17922元的公证费发票。综合考虑本案案件代理的难易程度、英某公司多次公证取证的事实，本院酌情确定合理费用为20万元。

综上，慧某公司、吴某、万某公司、惠某公司应立即停止侵权行为，并连带赔偿英某公司经济损失2250万元及合理开支20万元。任某医院应停止使用被诉侵权软件。

另外，对于慧某公司提交的第540号鉴定意见书，一审中英某公司已经书面发表了质证意见，故一审法院审理程序并不违法。

综上所述，英某公司的上诉请求成立。一审判决认定事实和适用法律均存在错误，应予纠正。依照《中华人民共和国民法典》第一千一百六十八条，《中华人民共和国著作权法》第二条第一款、第五十二条、第五十三条、第五十四条，《最高人民法院关于审理著作权民事纠纷案件适用法律若干问题的解释》第七条，《计算机软件保护条例》第七条、第九条，《中华人民共和国民事诉讼法》第六十七条第一款、第七十二条，第一百七十七条第一款第二项，《最高人民法院关于适用<中华人民共和国民事诉讼法>的解释》第九十条、第一百零八条之规定，判决如下：

一、撤销北京知识产权法院（2021）京73民初611号民事判决；

二、慧某有限公司、吴某、江苏万某医药营销有限公司、江苏惠某信息科技有限公司立即停止侵害北京英某信息科技股份有限公司“i-DiaPro血液透析电子病历系统”V3.0计算机软件著作权的行为；

三、任某医院立即停止使用侵害北京英某信息科技股份有限公司“i-DiaPro血液透析电子病历系统”V3.0计算机软件著作权的产品；

四、慧某有限公司、吴某、江苏万某医药营销有限公司、江苏惠某信息科技有限公司在本判决生效后30日内连带赔偿北京英某信息科技股份有限公司经济损失22500000元及合理开支200000元；

五、驳回北京英某信息科技股份有限公司的其他诉讼请求。

如未按照本判决所指定的期间履行给付金钱的义务，则应依据《中华人民共和国民事诉讼法》第二百六十四条之规定，加倍支付迟延履行期间的债务利息。

一审案件受理费156800元，二审案件受理费156800元，均由慧某有限公司、吴某、江苏万某医药营销有限公司、江苏惠某信息科技有限公司共同负担。北京英某信息科技股份有限公司已预交二审案件受理费156800元，应退还156800元；慧某有限公司、吴某、江苏万某医药营销有限公司、江苏惠某信息科技有限公司应补交二审案件受理费156800元。

本判决为终审判决。

审 判 长　　崔　宁
审 判 员　　顾正义
审 判 员　　杨学秋
二〇二五年十二月二十六日
法官助理　　刘亚男
书 记 员　　陈恪一
书 记 员　　马文静